AGÜ, yeni nesil üniversite olması için gereken şartları sağlamak üzere, servislerin kalitesini ve zenginliğini hedefleyen özgün bir yönetim modeliyle hizmet vermektedir.
Rektör: Prof. Dr. Cengiz Yılmaz
Kaliteden ve İdari Mali İşlerden Sorumlu Rektör Yardımcısı: Prof. Dr. İrfan Alan
Paydaşlarla İlişkilerden Sorumlu Rektör Yardımcısı: Prof. Dr. Erk Hacıhasanoğlu
Araştırmadan Sorumlu Rektör Yardımcısı: Prof. Dr. Evren Mutlugün
Eğitim Süreçlerinden Sorumlu Rektör Danışmanı: Prof. Dr. Burak Asiliskender
Öğrencilerle İlişkilerden Sorumlu Rektör Danışmanı: Doç. Dr. İ. Alper İşoğlu